應用植物分類學、生態學、細胞學、現代分子生物學、引種馴化學等理論、技術和方法，開展重要植物類群的系統演化及發育重建、生物多樣性的遺傳學基礎、物種形成的機制和分布式樣、珍稀瀕危植物的逆境抵御機制及保護生物學、重要植物類群及功能基因的適應性進化等研究。并利用基因工程、遺傳工程等技術手段，開展重要植物的種質及基因創新。
對華東地區重要的植物資源特別是藥用植物和觀賞植物進行系統收集，選擇重點區域開展就地保護研究，選擇重點物種開展遷地保育及研究，并建立管理系統完善的種質保存圃和保育數據庫，修訂完善系列志書等區域性資料
應用植物分類、生理、生化、生態等學科方法，開展生活史適應、保護的有效性及應用價值的評價，探討華東地區重要植物類群物種形成的機制和分布式樣，探討珍稀瀕危植物的逆境生理和抵御機制，為植物資源開發利用提供基礎理論
結合野外繁殖及傳粉系統的研究，開展重要植物類群的保護生物學研究，探討物種形成的遺傳、生殖、生態基礎，明確致瀕的繁殖障礙，提出野生種群擴張及發育重建的理論和方法
應用現代分子生物學的技術和方法，從物種多樣性、遺傳多樣性、生態環境多樣性的角度，探討重要植物類群遺傳變異、居群結構和分子水平的適應性演化等生物多樣性的形成機制
