中心現有研究團隊2個，包括天然產物化學成分研究與利用項目組、植物次生代謝生物工程研究項目組，設有天然產物提取和分離技術實驗室、藥用植物分子生物學實驗室、天然產物活性篩選實驗室、化學分析測試實驗室、中試實驗室等多個具有獨立科研能力，又相互配合的功能實驗室。2018年在崗科研人員23人，其中高級職稱11人、中級職稱12人。在讀碩、博士研究生14人。
以我國豐富的植物資源為研究對象，開展活性天然產物的結構測定、生物活性與功能、結構修飾與合成、分布及演化規律、代謝合成及調控的研究。開發安全、有效、質量可控、成分清楚和作用機制明確的新藥、功能性食品和生物農藥等產品。為我國天然產物資源的合理開發與持續利用，以及創新天然藥物（農藥）和中藥現代化的發展做出貢獻。
副主任（主持工作）：單 宇 電話：025-84347159
副主任： 李曉丹 電話：025-84347068
開展天然產物活性成分分離、純化及結構鑒定、先導化合物優化及生物活性研究，并按國家新藥評審要求開展臨床前研究工作
開展新型藥物篩選模型、靶點的發現與研究以及活性成分篩選體系的建立；對癌癥、糖尿病、早老性癡呆等疑難病癥進行藥用植物的定向藥效篩選；發掘國內緊缺、珍稀瀕危藥用植物的替代資源；從植物、微生物中進行生物活性物質的篩選工作；篩選和發掘新的高效、低毒生物農藥
選育優良抗逆、高含量（活性成分）藥用植物新品種，構建基因操作技術平臺，發掘和利用其功能基因。重點研究藥用植物重要活性成分在生物代謝過程中關鍵合成酶的基因，包括：藥用植物重要活性成分關鍵合成酶的基因克隆，功能分析，分子修飾及轉基因研究。最終對關鍵合成酶進行修飾表達以提高植物重要活性成分含量。
對于體內生物合成代謝途徑比較清楚，對目前社會影響較大的疾病具有高效治療效果或具有其他重要應用價值的天然化學產物成分，克隆該生物合成途徑中的基因，構建該成分的高效表達菌株，利用基因工程菌株直接高效生產該重要活性成分，降低其生產成本，應用于工業化生產
